Разработка комплексной методики для аннотирования изображений биопсии
Ключевые слова:
пороговая бинаризация, выделение контуров, large-image, tifffile, PythonАннотация
В статье предложена комплексная методика аннотирования медицинских изображений биопсии на основе языка Python и библиотеки large-image, включающая конвертацию изображений в формат JPEG, автоматическое выделение участков биопсии, их разбиение на фрагменты и использование инструмента Makesense.AI для аннотирования, позволяющая сэкономить вычислительные ресурсы и упростить работу специалистов, обеспечивающая эффективную подготовку данных для обучения нейросетей.
Библиографические ссылки
Litjens, G., Kooi, T., Bejnordi, B. E., et al. A survey on deep learning in medical image analysis. Medical Image Analysis, 2017, 42: 60–88. DOI: 10.1016/j.media.2017.07.005
Ronneberger, O., Fischer, P., Brox, T. U-Net: Convolutional networks for biomedical image segmentation. Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention (MICCAI), 2015, 9351: 234–241. DOI: 10.1007/978-3-319-24574-4_28
Aresta, G., Araújo, T., Kwok, S., et al. BACH: Grand challenge on breast cancer histology images. Medical Image Analysis, 2019, 56: 122–139. DOI: https://doi.org/10.1016/j.media.2019.05.010.
Large-Image Documentation. Kitware, Inc. https://doi.org/10.5281/zenodo.14624225 Интернет-ресурс. - Режим доступа : www/ URL: https://girder.github.io/large_image/
OpenCV Documentation. Open Source Computer Vision Library. Интернет-ресурс. - Режим доступа : www/ URL: https://docs.opencv.org/
Bankhead, P., Loughrey, M. B., Fernández, J. A., et al. QuPath: Open source software for digital pathology image analysis. Scientific Reports, 2017,7(1): 16878. DOI: 10.1038/s41598-017-17204-5.
Rueden, C. T., Schindelin, J., Hiner, M. C., et al. ImageJ2: ImageJ for the next generation of scientific image data. BMC Bioinformatics, 2017,18(1): 529. DOI: 10.1186/s12859-017-1934-z.
Schindelin, J., Arganda-Carreras, I., Frise, E., et al. Fiji: An open-source platform for biological-image analysis. Nature Methods, 2012, 9(7): 676–682. DOI: 10.1038/nmeth.2019
M. Aubreville, C. Bertram, R. Klopfleisch and A. Maier (2018) SlideRunner - A Tool for Massive Cell Annotations in Whole Slide Images. In: Bildverarbeitung für die Medizin 2018. Springer Vieweg, Berlin, Heidelberg, 2018. pp. 309-314. https://doi.org/10.1007/978-3-662-56537-7_81 Режим доступа : www/ URL: https://github.com/maubreville/SlideRunner
Makesense.AI. Онлайн-инструмент для аннотирования изображений. Интернет-ресурс. - Режим доступа : www/ URL: https://www.makesense.ai/
